Il primo documento attestante l’esistenza della basilica di San Michele Arcangelo a Rieti risale al 739: si tratta dell’atto di donazione con il quale i fratelli Probato e Ravennone, eredi di Tallone, si impegnano con l’abate Teuzone a cedere le loro quote all’abbazia. Altre fonti della seconda metà dell’VIII secolo descrivono così il monastero «quod est positum inter duo fulmina, ad pontem fractum ante civitatem reatinam».
La basilica, che prosperò in età carolingia, fu assediata e distrutta dai Saraceni tra il X e l’XI secolo. Nell’atrio della basilica erano conservati i resti di antiche epigrafi restituite dall’alveo del fiume, le cui iscrizioni erano ancora conosciute tra il XVII e il XVIII secolo. La chiesa era ricostruita e fundamentis, dopo la distruzione decisa nel 1556 durante il pontificato di papa Paolo IV: Stato e Regno erano impegnati in un conflitto armato che metteva a repentaglio i territorio di confine. Per otto giorni, incessantemente si lavorò allo smantellamento degli edifici tanto civili che religiosi, al consolidamento degli argini, alla munizione dei terrapieni, sotto la guardia dei delegati del Consiglio generale del Comune.
Scampato il pericolo della guerra, le chiese del Borgo furono presto ricostruite. Il titolo dell’antica collegiata di Santa Cecilia, ancora diruta, fu trasferito alla chiesa di San Pietro mentre alla collegiata di San Michele Arcangelo fu assegnato in cura d’anime l’intero Borgo.
La rapidità della costruzione della nuova chiesa, secondo il canonico Angelotti già ricostruita nel 1635 e l’abate Galletti definiva «tutta rimodernata», fu forse a discapito dell’armonia architettonica: si trattava di un edificio dalle forme linde e modeste, come una pieve di campagna.
Dopo il devastante bombardamento del 6 giugno 1944, la rapida pioggia di fuoco lesionò gravemente la chiesa di Santa Cecilia, sfondò il tetto della prepositura di San Michele Arcangelo, abbattendone completamente la facciata e la parete a cornu Epistulae.
Tanto gravi, irrisarcibili erano i danni riportati che la chiesa fu ricostruita ex novo, secondo il progetto d’impronta razionalista elaborato dall’ingegner Raffaele Barnini con la consulenza artistica del reatino Arduino Angelucci.
Il vescovo Raffaele Baratta, che aveva benedetto la prima pietra il 29 settembre 1952, nella ricorrenza della solennità di San Michele Arcangelo, ebbe insieme con la popolazione del Borgo la consolazione di consacrare il nuovo edificio il 19 ottobre 1958. A cura di Ileana Tozzi